城市污泥中含有豐富的作物生長所需的各種養(yǎng)分及有機質(zhì)，是堆肥發(fā)酵最佳原材料之一。但城市污泥中往往含有重金屬，這些重金屬一般指汞、鉻、鎘、鉛、砷等。微生物特別是細(xì)菌、真菌在重金屬的生物轉(zhuǎn)化中起重要作用。

       雖然有些微生物可以改變重金屬在環(huán)境中的存在狀態(tài)，使化學(xué)物毒性增強而引起嚴(yán)重的環(huán)境問題或濃縮重金屬，并通過食物鏈積累。但也有些微生物可以通過直接和間接的作用去除環(huán)境中重金屬，有助于改善環(huán)境。如最早受到關(guān)注的造成環(huán)境污染的重金屬-汞，微生物轉(zhuǎn)化汞包括3方面，無機汞（Hg2+）的甲基化、無機汞（Hg2+）還原成Hg0，甲基汞和其他有機汞化合物的裂解并還原成Hg0。這些能將無機汞和有機汞轉(zhuǎn)化為單質(zhì)汞的微生物稱為抗汞微生物。微生物雖然不能降解重金屬，但通過對重金屬的轉(zhuǎn)化作用，控制其轉(zhuǎn)化途徑，可以達(dá)到減輕毒性的作用。